Menurut makalah tahun 1896 tentang bibliografi oleh Charles Sedgwick Minot dari Harvard Medical School, asal mula dari sistem penulisan referensi Harvard adalah dari makalah karya Edward Laurens Mark, Hersey profesor anatomi dan direktur laboratorium zoologi di Harvard University, yang mungkin menyalinnya dari sistem katalog yang digunakan pada saat itu sampai sekarang oleh perpustakaan Musium Zoologi Komparatif Harvard. Pada tahun 1881, Mark menulis makalah tentang kelahiran embrio siput taman, yang menyertakan kutipan jenis penulis-tanggal dalam kurung di halaman 194, contoh pertama dari referensi demikian (Mark 1881, p. 194). Sampai saat itu, menurut Eli Chernin yang menulis dalam British Medical Journal, referensi muncul dalam gaya yang tidak konsisten dalam catatan kaki, yang dirujuk dalam teks menggunakan beragam simbol pencetak, termasuk tanda bintang dan tanda salib.

Chernin mencatat bahwa suatu tulisan penghargaan (festschrift) pada tahun 1903 didedikasikan pada Mark oleh 140 mahasiswa, termasuk Theodore Roosevelt, mengkonfirmasikan bahwa penulisan referensi sistem Harvard dimunculkan oleh Mark. Tulisan tersebut memberikan penghormatan pada makalah Mark tahun 1881, tulisan yang "memperkenalkan pada zoologi kutipan yang lengkap dan akurat serta metode yang menyenangkan dan seragam untuk penulisan referensi dari teks ke bibliografi."

Menurut catatan editorial dalam British Medical Journal tahun 1945, anekdot yang belum terkonfirmasi menyatakan bahwa istilah "sistem Harvard" diperkenalkan oleh pendatang dari Inggris ke perpustakaan Harvard University, yang terkesan dengan sistem kutipan itu, dan menamainya "sistem Harvard" saat kembali ke Inggris.